Le nom même de Merlin n’a pas d’origine clairement définie. Certains le situent à l’époque des druides celtiques. Ce que l’on sait, c’est que les noms « Merddin », « Myrddin », puis ensuite « Merlinus » ou encore « Merilun » furent utilisés successivement pour décrire un seul et même personnage. Le nom de « Merlin » sera adopté plus tard, sans doute aux environs du XIIe siècle. La légende de Merlin l’Enchanteur (ou « L’Homme des bois ») est très complexe, mais en fait, on ne sait pas si ce personnage a vraiment existé, les sources manuscrites de l’époque ayant disparu. La plupart des ouvrages qui parlent de Merlin, évoquent aussi Arthur et les chevaliers de la Table Ronde. Or, ces textes datent du XIIe au XVIe siècle, alors que des récits remontent à bien plus longtemps. Il apparaît qu’un certain Merlinus Ambroisius aurait réellement existé, de descendance royale. L’influence chrétienne au Moyen Âge aurait transformé les écrits de départ en légende : la mère de Merlin ayant enfanté d’un "antéchrist" aux grands pouvoirs. De plus, certaines femmes deviennent des sorcières s’en prenant aux hommes, même à Merlin. Bref, sa description varie au fil des époques jusqu’à ce qu’il devienne le Merlin que l’on connaît à travers les contes et les dessins animés : enchanteur, prophète, homme des bois, maître des animaux, sage, un magicien pur et proche de la Nature, assez proche du dieu Pan de la mythologie grecque qui represente l'incarnation même de la Nature. Sur le plan symbolique Merlin l’Enchanteur signifie la bonté et le rêve, l’humanité et la nature dans sa puissance originelle. C’est sans doute pour cela qu’il nous captive, car il est la représentation d' un archétype éternel.

La légende la plus connue quant à son origine le fait fils d'une vierge et d'un démon, d'où le parallèle chrétien et la qualification d'antéchrist.

Cependant, d'autres légendes (rapportées par Stephen Lawhead dans son Cycle de Pendragon) lient son existence à la légende de l'Atlantide, d'où sa mère serait native (Charis, fille du Roi Avallach d'Atlantide), alors que son père serait breton (Taliesin fils d'Elphin, roi de Caer Dyvi), selon la légende du Cycle de Pendragon. Ces divergences d'opinions sont cependant fondées sur le fait qu'aucune histoire réelle n'a encore été découverte, et, de ce fait, ce peut être une version possible.

Son rôle dans le cycle arthurien est d'aider à l'accomplissement du destin du royaume de Bretagne (royaume mythique regroupant l'actuelle Angleterre, le Pays de Galles et la Bretagne continentale). Grâce à une sagesse légendaire, il devient l'ami et le conseiller du roi Uther Pendragon. À la mort de celui-ci, il organise le défi de l'épée Excalibur qui permet à Arthur, fils illégitime d'Uther, de succéder à son père. Puis il incite Arthur à instituer la Table Ronde afin que les chevaliers qui la constituent puissent se lancer dans des missions relevant du mythe, notamment la fameuse quête du Graal. À la fin de sa vie et malgré toutes ses connaissances, Merlin ne pourra rien contre la destinée du royaume de Bretagne et la fin tragique du roi Arthur.

La légende de Merlin n'est pas à l'origine intégrée dans le cycle arthurien. Le personnage sera en quelque sorte « christianisé » par la suite pour pouvoir y figurer, mais on peut y reconnaître l'archétype du druide : proximité avec la nature, pouvoirs magiques, connaissance surnaturelle, sagesse, longue vie, rôle de guide et de conseiller des puissants. Dans un monde chrétien alors en plein essor, il représentait ce qui restait de la tradition ancienne : le monde druidique moribond.

Devin et magicien, Merlin tomba, selon la légende, éperdument amoureux de la fée Viviane, à qui il confia le secret pour se lier un homme à jamais. La fée Viviane entreprit donc de réaliser cette magie, traçant les "neuf cercles" autour de Merlin endormi. La magie étant puissante, Merlin fut enfermé pour l'éternité dans sa geôle, au grand regret de la fée Viviane qui ne croyait pas que la chose fut possible. On dit aussi que même maintenant, il est encore enfermé. Ainsi, dans la forêt de Brocéliande, sur une stèle est écrit : "ici a été enfermé Merlin l'enchanteur par la fée Vivianne".